Nově založená agenda potřebuje ke správnému chodu upřesnit řadu údajů o typu účtovaného subjektu, způsobu účtování, domácí měně, vedení skladů a evidencí, elektronické komunikaci atd. Prvním krokem před zahájením práce je tedy nastavení těchto rozhodujících údajů, které se uskuteční prostřednictvím Průvodce nastavením programu. Základní nastavení agendy musí při práci v síti provádět uživatel s právy Administrátora (viz Uživatelské role) a je potřeba si je pečlivě promyslet, protože některé z údajů během práce půjdou změnit jen za cenu řady pracných opravných kroků. Toto základní nastavení je jednotné pro všechny uživatele sítě a veškeré dodatečné změny provedené administrátorem se promítnou i ostatním uživatelům.
Průvodce však nabízí i uživatelské nastavení vzhledu agendy, které si určuje každý uživatel individuálně a může je kdykoliv měnit podle své potřeby.
Vzhledem k množství údajů je průvodce rozčleněn do několika oddílů:
Vzhled a ovládání
Tato část se týká konkrétního uživatele a jeho požadavků na vzhled a chování programu. Jakákoliv změna v Průvodci nastavením programu v jedné agendě se promítne i do nastavení ostatních agend daného uživatele, konfiguraci ostatních uživatelů však tyto změny neovlivní.
Některé volby po uložení průvodce zdánlivě nefungují. Důvodem je fakt, že natolik mění chování programu, že nemohou být aktivovány ihned, ale začnou fungovat až po restartování programu.
Nastavení agendy
Tato část se týká vlastností konkrétní agendy a změny zde provedené se projeví v konfiguraci všech uživatelů pracujících s agendou.
Nastavení modulů
Opět jde o konfiguraci zadávanou administrátorem a závaznou pro všechny uživatele, která se týká účetních vlastností agendy, závěrek atd. Výjimku tvoří individuální nastavení výchozího ceníku a skladu v části Sklady, které si zadá konkrétní uživatel pro konkrétní agendu (nastavení ostatních agend se tato konfigurace netýká) a které má přednost před výchozími údaji platnými pro všechny uživatele agendy, a také nastavení Datové schránky.