Pro výpočet odstupného nebo náhrady mzdy při pracovní neschopnosti, ale i za svátek slouží průměrné náhrady. Náhrady konkrétního čtvrtletí jsou vypočítány z mezd předchozího čtvrtletí a použijí se v tom daném čtvrtletí (např.: náhrady pro druhé čtvrtletí jsou počítány z měsíců leden, únor, březen a použijí se pro měsíce duben, květen, červen).
Při zavádění prvních mezd stávajících zaměstnanců je potřeba individuálně podle minulých výkazů zadat pro nejbližší čtvrtletí Částku náhrady na hodinu (průměrná hodinová náhrada) a Paušální redukovanou náhradu (paušální náhrada pro čtvrtletí), průměrné náhrady musí vždy začínat prvním měsícem v období. Po první mzdové závěrce se již hodnoty na další čtvrtletí doplní automaticky a při každém dalším uzavření kalendářního čtvrtletí se náhrady vypočítají znovu.
U nově přijatých zaměstnanců se průměrné náhrady samozřejmě zadávat nemusí, program je podle požadavků legislativy počítá z předpokládané mzdy.